卵巢囊肿不易与子宫肌瘤混淆，因为两者硬度不同，前者为囊性，而后者为实性，同时前者与子宫中间有分界，可与之分开。
子宫肌瘤与子宫关系密切，不能与之分开，移动宫颈则随之活动，诊断遇到困难较多的是卵巢实性肿瘤与浆膜下子宫肌瘤，两者均为实性肿物。如果肌瘤在子宫的一侧，尤其带蒂浆膜下肌瘤有时鉴别困难，须借B超检查协助，卵巢恶性肿瘤也为实性肿块，与子宫牢固粘在一起融成一个团块时，虽属子宫外在肿块但与之不能分开，有时被误诊为子宫肌瘤。
年龄是一个重要的线索，肌瘤多见于中年妇女，有月经不调，而卵巢癌多见于老年妇女。若患者为绝经后妇女，首先要考虑为卵巢恶性肿瘤，结合其他卵巢恶性肿瘤的体征如子宫直肠陷凹结节或肿块，子宫固定不动等均有鉴别价值，诊断性刮宫了解宫腔大小，方位以及内膜有无病变有帮助。
B超检查若见到双侧卵巢即可排除卵巢肿瘤，从子宫肌瘤与卵巢恶性肿瘤B型超声的声像图之不同亦可鉴别，阔韧带内巨大子宫肌瘤触之为实性肿物，居子宫的一侧，有时被误诊为卵巢实性肿瘤，卵巢实性肿瘤若不是恶性一般活动度好，而阔韧带子宫肌瘤则活动受限。
少见的情况下，巨大子宫肌瘤囊性变可被误为卵巢囊肿，阴道检查：若为大肌瘤囊性变，摸不到宫体，而卵巢囊肿，除囊肿外可触及子宫体。
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